V odločbi, s katero se konča postopek in odloči o glavni zadevi, organ odloči* o stroških postopka, vrsti stroškov, kdo jih krije ter komu in v katerem roku jih je treba plačati. Organ lahko o stroških odloči s sklepom, kar pa mora biti navedeno v odločbi. Če se postopek zaključi s sklepom, odloči organ o stroških v tem sklepu, ali pa navede, da bo o stroških postopka izdal poseben sklep. Pri izvedbi dokazov pred uvedbo postopka, kjer je jasno, da se postopek ne bo začel vsaj še 30 dni, je treba o teh stroških odločiti s sklepom. Zoper sklep o stroških je dovoljena pritožba.
Ni pravilno, da organ v svojih postopkih o stroških sploh ne odloča. Takih primerov je v praksi zelo veliko. Odločitev o stroških mora biti zapisana tudi v izreku odločbe, sicer pa organ o tem izda poseben sklep. Pogosta ustna ugotovitev, da organ ni ugotovil v postopku nikakršnih stroškov, pa zato o njih ni odločal, je nesmiselna. Zadnja sprememba zakona namreč uvaja obveznost navedbe v izreku odločitev organa o stroških postopka. V praksi je vse preveč “ugotovitev” uradne osebe, da “stroškov postopka ni bilo”. Gre za vse pogostejši stavek, ki ne temelji na resničnih dejstvih.
Organ druge stopnje odloči o stroških postopka v odločbi, če:
• zavrže pravno sredstvo;
• zavrne pravno sredstvo;
• sam odloči o zadevi.
Odloči o tistih stroških, ki so nastali med njegovim postopkom.